Es posible que haya una incompatibilidad de codificación en algún lugar… hay una razón por la que alguien lo llamó el infierno de la codificación de MySQL.
Hace mucho tiempo creé un script para corregir bases de datos que contienen datos UTF-8 dentro de tablas con codificación latin1. ¿Quizás eso ayude? De lo contrario, tendrás que resolverlo por tu cuenta.