Можно ли изменить конфигурацию и перенести загруженный контент из S3 на локальный сервер, сохранив эту новую настройку загрузки на локальный сервер?

Я думаю, что вам нужно сделать следующее: Enable hidden setting to include S3 uploads in the backups, затем создать резервную копию, изменить настройки S3 и выполнить восстановление. Я бы создал новый сервер, восстановил данные там и переключился на него, если всё сработает. Так вы не сломаете свой рабочий сервер.