Если вы достигли лимита частоты Let’s Encrypt, самое простое решение — использовать другое поддоменное имя. Если вы установили систему на голое доменное имя, сначала попробуйте использовать www. В любом случае это рекомендуется.
Вы запускаете discourse-setup? Он выполняет тест, который должен предотвратить запрос сертификата, если его невозможно выдать.