Independientemente de cómo maneje Discourse esto, un Message-ID debe ser único. En mi opinión, cuando un servidor de listas envía un mensaje a una lista de correo, crea una nueva instancia de ese mensaje y, por lo tanto, debería reescribir el message ID.
Además, no entiendo cómo el mensaje original podría ser adecuado tanto para los miembros de las listas A como B, pero la respuesta del miembro de la lista B no podría revelarse a los miembros de la lista A. Si esas audiencias son tan diferentes, ¿por qué el usuario envía los mismos mensajes a ambas listas al mismo tiempo?
Tal vez haya una buena solución técnica para esto y tal vez Discourse pueda modificarse para que maneje esto correctamente, pero encuentro que este es un caso límite realmente extraño en una tecnología de 36 años.