Cela est peut-être un peu trop verbeux et spécifique à ce paramètre unique pour pouvoir effectuer ce changement en douceur. 
Il pourrait être utile d’ouvrir un sujet UX pour discuter de la manière dont nous pouvons rendre ces messages de style « appliquer par défaut historiquement » plus clairs quant au fait qu’ils ne s’appliquent qu’aux valeurs par défaut.
Je pense que c’est une demande de Feature valide. 
J’ai fait une recherche rapide pour des demandes précédentes et j’ai trouvé celle-ci Send only system emails when disable email setting is on, bien que je craigne qu’elle ait reçu un accueil assez mitigé à l’époque (il peut y en avoir d’autres cependant, car celle-ci date de quelques années). Personnellement, je vois le mérite d’une telle option.