Isso pode ser um pouco verboso e específico para essa configuração para poder fazer essa alteração de forma tranquila. 
Pode valer a pena abrir um tópico UX para discutir como podemos tornar essas mensagens do tipo ‘aplicar padrão historicamente’ mais claras, indicando que elas se aplicam apenas aos valores padrão.
Acho que este é um Feature request válido. 
Fiz uma rápida pesquisa anterior e encontrei este: Send only system emails when disable email setting is on, embora receio que tenha recebido uma recepção bastante fria na época (pode haver outros, pois este tem alguns anos). Pessoalmente, vejo o mérito em tal opção.