Puede que eso sea un poco demasiado verboso y específico para esa configuración como para poder realizar ese cambio sin problemas. 
Quizás valdría la pena abrir un tema de UX para discutir cómo podemos hacer que esos mensajes del estilo ‘aplicar predeterminado históricamente’ dejen más claro que solo se aplican a los valores predeterminados.
Creo que esta es una solicitud de Feature válida. 
He buscado rápidamente y encontré esta: Send only system emails when disable email setting is on, aunque me temo que recibió una recepción bastante fría en ese momento (puede haber otras, ya que esa tiene algunos años). Personalmente, veo el mérito de tal opción.