Программное внесение пользовательских изменений в боковую панель

Нет, мы по умолчанию не предусмотрели какой-либо отступ в боковой панели… но если вы можете расположить свои разделы в нужном порядке с помощью API, то, думаю, отступы можно будет реализовать с помощью стилей CSS?