Чтобы удалить PWA, нужно запустить его либо через Launchpad, либо двойным щелчком по значку в папке ~/Applications/Chrome Apps. После этого опция удаления появится в меню.
Если приложение запускается в обычном окне Chrome вместо режима PWA, просто удалите значок из папки Chrome Apps. Единственное различие между этими методами в том, что первый предложит очистить данные сайта в Chrome, а второй — нет. 