Если это ещё не было в ваших планах, я бы рекомендовал создать новую базу данных (на том же сервере) для миграции, чтобы не нарушить работу существующего сайта.
Я не совсем понимаю, что вы считаете, что делает Bitnami, но переменная, которую вам нужно задать в ENV, — это DISCOURSE_S3_BACKUP_BUCKET. См. Настройка совместимого с S3 провайдера объектного хранилища для загрузок, чтобы узнать, как правильно задать эти переменные S3 в вашем файле app.yml.
Если под «лучше» вы имеете в виду «не приведёт ли это к тому, что я сломаю существующий сайт и оставлю его в состоянии, из которого он никогда не восстановится?», то ответ — да. 
Задайте их в YAML.
Да, база данных будет обновлена. Я рекомендую вам восстановить резервную копию из командной строки.
Это именно то, что нужно. Версия системы, из которой вы восстанавливаете, должна быть такой же или новее версии резервной копии. После восстановления база данных будет автоматически мигрирована.
Возможно, этой информации вам достаточно, и мы с радостью поможем вам здесь бесплатно. Если вы хотите получить персональную помощь, адаптированную под вашу конкретную настройку, вы можете связаться со мной или запросить помощь в канале Marketplace.
Также ещё один вариант — создать образы и запустить их в Kubernetes. Я делал это несколько раз и использовал GitHub для сборки образов.