Если установлено значение mute_all_categories_by_default, то список отключённых категорий игнорируется. При включённом mute_all_categories_by_default мне показываются все категории, но если оно выключено, то учитывается параметр default_categories_muted.
Похоже, это ошибка — игнорировать отключённые категории. Или, возможно, нет смысла иметь список отключённых категорий, если по умолчанию отключены все категории. Но логично было бы предположить, что если по умолчанию отключены все категории и нет ни одной отслеживаемой категории, то ничего не должно отображаться?