Без просмотра кода я полагаю, что происходит следующее: если у вас есть сертификат, переменная DISCOURSE_FORCE_HTTPS устанавливается в true, поэтому она скрыта от пользовательского интерфейса.
Вот и всё! Другой способ добавить данные в config/discourse.conf — установить переменную окружения (ENV), что приведёт к автоматической записи этих данных в указанный файл точно так же.