Я считаю, что количество уведомлений должно исчезать сразу после того, как я нажму, чтобы их просмотреть; не должно иметь значения, открыл я их или нет.
Для удобства могу объяснить психологическую дилемму, возникающую из-за текущего поведения.

Если команда всё ещё не убеждена, подумайте о Facebook, Google, LinkedIn и всех этих крупных игроках. Например, если у вас есть +99 уведомлений в Gmail, счётчик сбрасывается сразу после нажатия, даже если вложенная страница позволяет отображать только 10 уведомлений за раз.