Я только что наткнулся на эту тему. По моему опыту, уведомления о новых сообщениях, когда их на самом деле нет, — явление нередкое, особенно при переключении между несколькими устройствами (например, ноутбуком и мобильным телефоном).
У нас в инстансе только что поступил такой отчёт — False notifications about new messages - Forum improvements - Movement Strategy Forum. С этого момента я буду уделять этому больше внимания.