Я только что протестировал это на своём форуме, вот результаты:
Я создал категорию с доступом для персонала и пользователей уровня TL3, а затем подкатегорию только для персонала.
С помощью тестового аккаунта я создал одну тему в категории TL3, а ещё три — с моего основного административного аккаунта. Результаты ниже.
Вот что видит пользователь уровня TL3: он может видеть родительскую категорию, но не видит закрытую подкатегорию:
А вот как это выглядит на стороне персонала/администратора:
После обсуждения с @JammyDodger я перенёс эту тему в раздел Contribute > Bug 
Желаю отличных выходных!