更新しようとしているメールアドレスが、すでにアカウントの「セカンダリ」メールアドレスとして登録されている可能性があります。その場合、セカンダリメールアドレスを削除してから、プライマリメールアドレスを更新する必要があります。
サイト管理者として、そのメールアドレスがセカンダリメールアドレスであることを確認するには、管理ページに移動し、「セカンダリメールアドレス」行の「表示」ボタンをクリックしてください。
Railsコンソールからセカンダリメールアドレスを削除する方法については、以下の投稿をご覧ください:
https://meta.discourse.org/t/rake-task-for-merging-users/89086/33