Я вручную обновил файл plugin-utilities.php, чтобы он читал данные из categories.json, а не из site.json, а затем внес изменения для обеспечения чтения правильного JSON-объекта (в site.json категории находятся на первом уровне вложенности, а в categories.json — на втором).
Однако у меня 49 категорий, но в файле categories.json отображается только 33.
Поэтому на данный момент я просто вручную добавил одну отсутствующую категорию, которую хотел.
До сих пор не уверен, связана ли проблема с параметром max_category_nesting=3, но даже если это не так, я считаю, что в дальнейшем опрос категорий плагином wp-discourse из файла categories.json может проходить более гладко.