Port already in use, what to do?

Discourse ничего не устанавливает за пределами контейнера, кроме Docker, который требуется как условие для установки.

Скорее всего, Apache2 был установлен после последней перезагрузки и не мог захватить порт, пока вы не перезагрузили машину. Проверьте историю команд bash, чтобы узнать, какие пакеты были установлены вручную.