Как вы смогли определить, что это был существенный фактор? Многие посты по SEO здесь довольно спекулятивны, поэтому наличие доказательств очень важно!
У меня нет опыта работы с этим плагином, и я не могу подтвердить его эффективность лично, но ранее кто-то пытался полностью отключить канонические ссылки с помощью плагина: Remove Canonical Link Plugin