Просто отчёт для будущих читателей: задача rake, запущенная в оригинальном посте, использовала
bundle exec rake doc_categories:build_sidebar
и завершилась ошибкой:
ActiveRecord::NoDatabaseError: Мы не смогли найти вашу базу данных: discourse. Доступные конфигурации базы данных можно найти в config/database.yml. (ActiveRecord::NoDatabaseError)
В зависимости от настроек самостоятельного размещения, скорее всего, задачу нужно запускать от пользователя discourse, чтобы получить доступ к базе данных.
sudo -E -u discourse bundle exec rake doc_categories:build_sidebar
@MachineScholar подтвердил, что разделы и ссылки были успешно созданы. 