FWIW、api-initializers/ についてはこちらで説明を見つけました。
（そして、それがEmberのドキュメントに接続され、意味が通るようになります。）
それでも、ディレクトリ構造の可能性について、基本的な列挙/説明を1つのドキュメントで確認できると良いでしょう。（例えば、connectors/ があることは知っていますが、他にもありますか？）
また、FWIW：Theme CLI アプリはスケルトンを以下からプルします。
そこには api-initializers/ についてしか言及されていません。
（実際、Theme CLI アプリを使用していますが、すでにテーマコンポーネントの初期段階を作成した後で使い始めたため、スケルトンのステップはスキップしました。）