Есть ли у него какие-либо дополнения в Thunderbird, которые могут мешать здесь? Например, при беглом поиске по запросу thunderbird changing reply-to был найден этот результат:
https://addons.thunderbird.net/en-US/thunderbird/addon/stop-ignoring-reply-to/
Также может помочь, если вы сможете получить исходное письмо, которое он получает, и, возможно, попросите его попробовать другой почтовый клиент или веб-почту, если это возможно, для тестирования.