ああ、なるほど、やはり関係があるのですね。ご存知ないかもしれませんが、メッセージをマージする際に、マージしたいメッセージのURLからトピックID番号を「既存のメッセージ」フィールドにコピーできます。それを試してみて、どうなるか確認していただけますか？
「raw」タブのメールアドレスを確認してください。次のような形式になっているはずです。
incoming+b249a23e7e545288e8dac00808ba154c@YOURDOMAIN
代わりに、カテゴリでメールで新しいトピックを開始するためのメールアドレスなど、別のメールアドレスが表示されている場合は、それが原因です。
Discourse側でこれを修正する方法はありません。コミュニケーションをとっている相手に相談するか、上記のように手動で返信を移動させて、それらと一緒に維持したい場合は、そのままにしておくしかありません。