Excluí algumas tags nas novas configurações e tentei visualizar o e-mail de resumo, a visualização contém alguns tópicos duplicados e tópicos com essas tags também estão incluídos.
Testando isso no meu site de desenvolvimento local, parece ser um bug. O código espera que a configuração digest_suppress_tags seja uma lista de IDs de tags delimitada por pipe, mas na verdade é uma lista de nomes de tags:
Veja como a configuração se parece no meu site:
SiteSetting.digest_suppress_tags
=> "foo|bar"
O código que está excluindo as tags do resumo espera que o valor da configuração seja "1|2" (os IDs das tags).
Note que a configuração digest_suppress_categories funciona sem problemas. O seletor de categorias das configurações salva IDs de categorias, não nomes de categorias.