Привет @manuel 
Я создал ту же структуру и
@import "desktop/footer";
в desktop/desktop.scss
@import "mobile/footer";
в mobile/mobile.scss
Я также пробовал импортировать оба файла в desktop/desktop.scss или mobile/mobile.scss.
У меня всё работает. Я проверял это в Theme Creator.
Не упустил ли я что-то? 
Можешь показать пример? 