Просто к сведению: обычно рекомендуется вносить такие изменения в небольшой компонент темы, чтобы его можно было использовать с удалёнными темами, а также подключать к нескольким сайтам без необходимости редактировать каждый отдельно.
Хотя, по-моему, стоит проверить, насколько вообще разумно применять такое ограничение. Возможность настройки навигационного меню для каждого пользователя, чтобы он мог адаптировать его под свои вкусы (или оставить стандартное меню сайта, если предпочитает), кажется огромным преимуществом.