Вопрос касательно обновлений через панель администратора до последней бета-версии. Ранее была возможность обновить всё сразу, однако это вызывало проблемы на нашем форуме и приводило к сбоям. Я полагаю, что команда Discourse исправила это, поскольку теперь единственный вариант — сначала обновить Docker Manager. После последней проблемы я не пытался выполнять обновления через панель администратора и делаю все обновления через консоль сервера.
Насколько безопасно сейчас выполнять обновления через панель администратора, обновляя Docker Manager, и что происходит после этого обновления? Нужно ли выполнять все остальные отдельные обновления по одному?
Ожидайте возможность обновить все остальные пакеты за один дополнительный шаг.
Получается, что как только менеджер Docker будет обновлен, станет доступна опция обновления всего?
Верно. 
Вам необходимо обновить Docker Manager, прежде чем использовать его для обновления самого Discourse. После завершения обновления Docker Manager вы сможете выбрать «Обновить всё», поэтому обновлять каждый плагин отдельно не нужно.
Обновление через интерфейс обычно безопасно, но если у вас ранее возникали проблемы, разумно сделать резервную копию на всякий случай.