Ciao @BradCray,
Anche io ho riscontrato lo stesso problema quando ho usato import_mbox.sh sugli archivi mbox di Mailman.
Ho individuato il problema in extract_from_mozilla(doc) in lib/email/receiver.rb e ho apportato una semplice correzione, che ho inserito in una PR https://github.com/discourse/discourse/pull/13176.
Il metodo extract_from_mozilla rendeva nascosti tutti i tag con un attributo class che inizia con "moz-". La mia modifica esclude da questi tag nascosti quelli con un attributo class che inizia con ^moz-txt-link\b, il che, a mio avviso, copre i link di Thunderbird (basandomi sul grande mbox con cui stavo lavorando).
Non ho avuto tempo di scrivere dei test, quindi è possibile che la PR non venga accettata, ma sentiti libero di utilizzarla (anche se tieni presente che verrà probabilmente cancellata con qualsiasi aggiornamento, a meno che la PR non venga accettata).
Ho testato solo sugli mbox importati, ma penso che dovrebbe funzionare anche per le email ricevute di recente.
Sfortunatamente, non credo che si applichi durante un rebake (non è successo nel mio caso), quindi potrebbe essere piuttosto difficile da applicare retroattivamente.