こんにちは、
実現可能かどうか、あるいは制限があるかどうかはわかりません。
私は色変数（ライトモード/ダークモード）を持つテーマを使用しています。
現在は、マニフェストで background_color に secondary を、theme_color に header_background を使用していますが、どうやら常にプライマリで設定された色スキームが使用されているようです。例えば、プライマリの色スキームがライトモードの場合、ダークモードでも同じ色がマニフェストで使用されてしまいます。
ご回答をよろしくお願いいたします！ 