На самом деле, теперь всё работает!
После включения инструментов «Поиск» и «Чтение» нажмите на «Показать детали инструмента» — там можно включить «Приватный поиск» и «Приватное чтение».
Это означает, что теперь наш ИИ-ассистент может напрямую читать нашу базу знаний, которую мы готовим, без необходимости постоянно обновлять документацию в RAG, и эта информация скрыта от обычных пользователей. 
Наконец, я нашёл недостающий элемент в этом посте: Can I allow the bot on private categories