Официальное обоснование может быть гораздо более разумным, чем моё, но я считаю, что SMTP-настройки хранятся в файле YAML, потому что электронная почта критически важна для Discourse. Зайти в Discourse в роли администратора без подтверждения по электронной почте невозможно. Разрешение регистрации без какой-либо проверки email само по себе является риском.
Кроме того, люди обычно не меняют свои SMTP-настройки очень часто после их первоначальной настройки. Я являюсь администратором сайтов, работающих уже более 8 лет, и за всё это время настройки SMTP не менялись.