La función que muestra el mensaje que viste está controlada por una configuración del sitio (detailed_404). Ahora está desactivada en Meta, por lo que ya no la verás.
Acabo de probarlo localmente y ya no puedo reproducir el problema que viste, así que creo que todo está en orden. Si intentas acceder a un tema eliminado con detailed_404 activado, verás:
Creo que el error original que reportaste se introdujo en este commit, pero luego la función fue revisada en profundidad en este commit, lo que resolvió varios problemas.