Se eu tivesse esse problema, teria duas ou três janelas de terminal abertas. Uma para executar a reconstrução, uma para fazer anotações sobre o tempo decorrido e para anotar onde os longos atrasos estão ocorrendo entre as atualizações de log, e a última para manter um registro da atividade da máquina: provavelmente executando vmstat 5
Quando você atingir um ponto onde o log não está atualizando por um tempo suspeito, anote a atividade relatada pelo vmstat.
Publique aqui extratos adequados do log com suas anotações e a saída correspondente do vmstat.
Parece muito provável que sejam partes específicas da reconstrução que estão demorando: o que fazer é descobrir quais partes e ver o que a máquina está fazendo nesses momentos.
Eu provavelmente também tiraria um instantâneo da atividade da máquina com ps auxf durante as pausas também.