心配いりません。Krisか他の誰かがいずれテーマを更新するでしょう。
技術的な側面にご興味があれば、これは Removing support for "template overrides" and mobile-specific templates に関連しています。
CSSの変更のみであれば、新しいテーマコンポーネントを作成することをお勧めします。
そして、それを公式の Reddit風テーマにアタッチし、カスタムCSSをこのコンポーネントに移動してください。
これにより、カスタムCSSを維持しながら公式アップデートを受け取ることができます。