Esto parece más un problema con la URL y commonmark. Si equilibras los paréntesis de apertura y cierre añadiendo )))))) al final, el enlace markdown se analiza correctamente.
[enlace](https://www.depotlegal.be/Depot/form.aspx?SC=KBRVITRINE1#/Search/(query:(AdvancedQuery:(queryGroups:!((queryClauses:!((index:KBR264b_idx,logical:0,operator:0,otherValue:!n,value:'petites%20singularit%C3%A9s'))))))))
Esto coincide con el comportamiento de la Especificación CommonMark, que sigue el motor markdown-it (utilizado por Discourse).
una secuencia no vacía de caracteres que no comienza con
<, no incluye caracteres de control ASCII o caracteres de espacio, e incluye paréntesis solo si (a) están escapados con barra invertida o (b) forman parte de un par equilibrado de paréntesis sin escapar. (Las implementaciones pueden imponer límites a la anidación de paréntesis para evitar problemas de rendimiento, pero al menos tres niveles de anidación deben ser compatibles).
Esto también se puede probar en la demostración de markdown-it.