Я точно не знаю почему, но могут возникнуть трудности с решением, показывать ли тег, если он используется только в ограниченных категориях. Я считаю, что если включена настройка сайта «Включать защищённые категории в подсчёт тегов», то теги в ограниченных категориях отображаются для всех.
Однако, если эта настройка отключена, тег всё равно будет виден в списке тегов с правильным счётом в зависимости от ваших разрешений, если он применён хотя бы к одной теме в публичной категории. Поэтому я не понимаю, почему он скрывается, если используется только в ограниченных категориях.