Да — я думаю, что лучшее решение на данный момент — добавить проверки в плагин голосования за сообщения, чтобы пропускать логику, когда для темы включена вложенность. По сути, явно сделать плагин несовместимым с вложенными ответами.
Было бы здорово также добавить режим «преобразовать во вложенные ответы» для голосования за сообщения. Я предполагаю, что часть пользователей, использующих голосование за сообщения, просто захотят переключиться на вложенные ответы.