Только что проверял: при нажатии Ctrl+K для открытия модального окна вставки ссылки во время создания нового сообщения, набранный шаблон ответа исчезает после нажатия кнопки «OK» для вставки ссылки. В консоли ошибок не вижу. Тестирую в последнем Chrome на Ubuntu.
Предполагаю, что проблема связана с тем, что и «Добавить шаблон ответа», и «Вставить гиперссылку» используют модальные окна. При открытии модального окна «Вставить гиперссылку» модальное окно «Добавить шаблон ответа» автоматически закрывается.