Вы можете сделать практически то же самое: создайте собственный компонент темы и добавьте его как дочерний к вашей базовой теме (источник из Git). Тогда вы сможете обновлять Git-тему по мере необходимости, не затрагивая вашу кастомную работу в компоненте.
Это самый простой способ; возможно, вы будете дублировать некоторый CSS, но, вероятно, не в неуправляемых масштабах.
Подробнее о темах и компонентах: Beginner's guide to using Discourse Themes