sim, mas você realmente não vai querer fazer um fork do Discourse e então tentar puxar todos os commits. Todos que fizeram isso se arrependem muito de ter feito.
Hmm. Mas se for apenas um arquivo, você poderia concebivelmente ter seu app.yml copiando o arquivo de algum lugar para /var/www/discourse logo após clonar o Discourse. Acho que já fiz isso antes para alterar os limites nas configurações do site.