Gostaria também de ressaltar que, na verdade, não é um caso de uso tão específico.
Assim como @mattdm já apontou, a cor não é usada apenas em emblemas ou ícones. Ela pode ser usada em banners e praticamente em qualquer elemento da página quando combinada com o componente Categorias Coloridas. Outra vantagem de usar cores diretamente das configurações da categoria é que você permite que os gerentes da comunidade alterem as cores usadas em um tema por conta própria, em vez de precisar entrar em contato com o designer do tema apenas para isso.
Atualmente, quando você não quer usar os emblemas principais com cores, mas ainda assim usar cores de categoria em outros elementos do tema, a única maneira de alterar a cor da categoria é habilitar um estilo de emblema diferente, alterar a cor e, em seguida, reabilitar nenhum como estilo de emblema.
Vi @codinghorror mencionar essa preocupação em outro tópico sobre isso:
Mas, como dito, isso pode ter muitos efeitos em um tema. Além disso, já há uma dica, afirmando:

Então, por que não manter a configuração disponível e, em vez disso, dar uma dica como:
Você pode não ver cores porque tem um estilo de categoria como nenhum.