Minha compreensão é que nada deveria sair de um elemento iframe, então sempre assumi que era o próprio iframe que estava sendo mal posicionado de alguma forma. Mas também pode ser que o tamanho do iframe colocado (pelo GAM) esteja incorreto em algum cenário estranho.
Poderia compartilhar como vocês resolveram isso com CSS para pelo menos evitar que os banners em excesso sobreponham o conteúdo da página? O fato de essa correção funcionar, por si só, pode ser uma pista sobre o que exatamente está acontecendo.