По моему пониманию, ничего не должно выходить за пределы элемента iframe, поэтому я всегда полагал, что проблема заключается в том, что сам iframe как-то неправильно позиционируется. Но, возможно, дело в том, что размер iframe, который размещается (GAM), неверен в какой-то странной ситуации.
Не могли бы вы поделиться тем, как вы решили эту проблему с помощью CSS, чтобы хотя бы предотвратить наложение слишком больших баннеров на контент страницы? Сам факт того, что такое решение работает, может стать подсказкой о том, что именно происходит.