おそらく、スクリプトが質問していないのは、すでに app.yml に記述されているためであり、この理由 でエラーが発生しているのでしょう（app.yml ファイル内にメールアドレスがすでに誤って設定されているため）。
ファイル内のメールアドレスを手動で変更して動作を確認してみてください（nano containers/app.yml）。
エラーが発生した行 は、Let’s Encrypt のメールアドレスが空でないかを確認して表示し、変更するかどうかを尋ねるためのものです。しかし、条件式で変数を二重引用符で囲んでいないため、app.yml にある値が展開され、Too many arguments というエラーが発生します。
Discourse チームが変数を二重引用符で囲んでいれば、このようなケースを回避できたかもしれませんが、いずれにせよ稀なケースでしょう（おそらく設定を初めて実行した際に、値が誤って設定されたのだと思います）。