Ниже приведенный код:
some deep thought who needs a reference[^1]
[^1]: Вот ссылка.
Должен отображаться как подстрочный индекс (и в превью поста так и происходит), но после публикации вместо этого отображается:
some deep thought who needs a reference[1]
Вот ссылка. ↩︎
На Meta включена опция показывать сноски в тексте, поэтому здесь они выглядят именно так. Вы пробовали на другом сайте, где эта опция отключена?
Действительно, всё работает. Спасибо. Я, должно быть, невнимательно прочитал тему плагина.
Хотя это довольно контринтуитивно, что предпросмотр выглядит совсем иначе, чем итоговый пост.
Это правда. Я передам это в ux для рассмотрения. 
Обновление: Об этом также упоминалось в этой теме — Add numbering formats to Footnotes