Да, !important переопределяет любой другой CSS без !important… Я не помню, зачем он там, но стоит проверить, можно ли его удалить. Работает ли это, если вы добавите !important в свой собственный CSS?
.d-header #site-logo {
max-height: 50px !important; // <-- ваша собственная высота здесь
}