Я тоже использую подход с ENV.
Ключевое преимущество — устойчивость и гибкость: пока у меня есть файл app.yml, я могу запустить свой сайт на новом сервере с минимальными усилиями. Или легко управлять тестовым сервером.
Кроме того, это обычно решается один раз при создании сайта. Или, возможно, выполняется как разовое обновление. Поэтому ENV подходит для этого идеально.
Тем не менее, полезно иметь настройки доступными для устранения неполадок без необходимости пересборки; после того как настройки стабилизируются, их можно перенести в переменные окружения.