Concordo totalmente que este é um problema significativo para novos usuários do Discourse e que realmente precisa ser resolvido. Eu mesmo tive dificuldades com isso nas minhas primeiras semanas na plataforma, e agora vejo meus usuários enfrentando o mesmo problema.
Ao tentar resolver isso agora, encontrei este Componente de Tema útil, mas é apenas uma solução parcial, pois não diferencia mensagens privadas para indivíduos de mensagens privadas para grupos, nem afeta os e-mails: