Je ne suis pas sûr que la surcharge de la balise canonical via JavaScript fonctionnera, car cela relève davantage du niveau de l’araignée (c’est-à-dire la partie qui récupère et collecte les données) que du niveau de l’indexeur (la partie du bot qui interprète les données et les stocke dans l’index de recherche).
Conseil non sollicité : vous voudrez peut-être lire ce sujet afin de pouvoir placer ces surcharges dans un plugin :