Это верно для активных и больших чатов, как ваш, я полагаю. Но не уверен, что это общая реальность? Однако, если у форумов есть возможность выбора, то настройка для каждого канала была бы оптимальным решением, хотя настройка на уровне всего форума тоже сработает и будет приемлемой.
Проблема с потоками в том, что они заставляют постоянно перемещаться туда-сюда, и пользователь должен помнить, что нужно отвечать на сообщение именно в потоке, а не в канале. Та же проблема возникает с постами в теме, но там её нет, потому что структура плоская. С другой стороны, темы — это почти то же самое, что сообщения в чате, но интерфейс принципиально отличается.
Конечно, это добавляет ещё одну настройку, а у нас уже их слишком много повсюду. Пока это не кошмар, но в какой-то момент может им стать.
Но, как сказала одна из моих пользователей: она хочет видеть и читать всё, а с потоками ей приходится постоянно входить и выходить, и довольно быстро она полностью теряет нить — что она уже прочитала и где находится.
Я уверен, что более организованные и ориентированные на логические схемы пользователи, например разработчики 
, оценят потоки, но обычные нетехнические пользователи, которые никогда не пользовались Discord и подобными сервисами? Им это понравится гораздо меньше.