Ho pensato che, se il compilatore si lamenta di una mancanza di /etc/service/unicorn/run e viene rimosso esattamente questo, ho provato a commentare questo comando di rimozione. 
Ha funzionato.
Forse qualcuno con più conoscenza su tutto vuole verificare e fare un aggiornamento su Github nello script. Posso anche fare una PR, ma senza alcuna conoscenza su tutto, non voglio.
Ma passare da Ubuntu a Debian cambia molto, è vero.